Перед началом Великой Отечественной войны стране был необходим единый научный и методический центр по неспецифической профилактике инфекционных болезней. В 1940 году таким учреждением стал Центральный научно-исследовательский дезинфекционный институт Наркомздрава СССР (сейчас – Институт дезинфектологии ФБУН «ФНЦГ им. Ф.Ф. Эрисмана» Роспотребнадзора). 

С первых дней войны работники института начали уходить на фронт, многие из них не вернулись домой. В 1942 году вступил в ряды Красной Армии и директор института Вишневский А.Д.

С декабря 1941 года по май 1943 года институт был эвакуирован в г. Казань, но его работа не прекращалась. Некоторые отделы продолжали свою работу в Москве.

В сложное для страны время ученые вели разработки по поиску новых средств по усовершенствованию способов борьбы с переносчиками возбудителей опасных инфекционных болезней. Особое внимание было уделено педикулёзу и камерной обработке вещей как чрезвычайно актуальной проблеме в период военных действий. В 1941 году на базе института была создана специальная группа, которая занималась дегазацией в камерах, работающих паром под давлением. Специалисты разработалиинструкцию по дегазации в камерах с движущимся нагретым воздухом системы инженеров Погоржельского и Левинсона-Чернощекова и занимались вопросомприспособления простейших вошебоек к дегазации.

Помимо этого, прикомандированные к Гордезстанции сотрудники ЦНИДИ проводили подготовку кадров дезинфекторов, работников банно-прачечного треста и инструкторов дезбюро по камерной дегазации. Одновременно вели наблюдение и консультацию по приспособлению дезкамер в различных объектах.

В 1941 году на базе института была организована лаборатория по контролю перевязочного материала, которая помогала обеспечить неспецифическую профилактику инфекционных болезней. 

Сотрудники института, нередко рискуя собственной жизнью, оказывали помощь в очагах инфекционных болезней. Сохранились документы о командировании научных сотрудников в места, где находилось большое количество эвакуированных людей и требовалась квалифицированная помощь в соблюдении профилактических мер для предотвращения распространения инфекций.

Еще одним важным направлением работ в институте стал поиск и внедрение средств для дезинфекции белья и поверхностей при кишечных и воздушно-капельных инфекциях. Проводилось изучение эпидемиологической эффективности дезинфекционных и дезинсекционных мероприятий в очаге сыпного тифа или в очаге кишечных инфекций.

В условиях дефицита необходимых веществ проводились испытания средств дезинфекции, дезинсекции и дератизации из местного сырья, отходов промышленных производств, местных растений и трав.

Не останавливалась работа по борьбе с грызунами в условиях населенных пунктов.

Вместе с тем, сотрудники занимались разработкойметодик обеззараживания питьевой воды. В музее института сохранились многочисленные рукописные временные инструкции по обеззараживанию воды различными способами, датируемые 1943 г., свидетельствующие о том, что работа учреждения не останавливалась, несмотря на сложившуюся в военное время ситуацию.

Кроме того, в годы войны сотрудники института вели и образовательную деятельность. В стране не хватало квалифицированных специалистов дезинфекционного профиля. На базе института проводилиськвалификационные курсы для врачей-дезинфекционистов, обучались дезинфекторы и другие практические работникипо всей территории нашей страны, а также проводилась консультативная помощь отдаленным территориям. 

Ещё одним из важнейших направлений работы ЦНИДИ в этот период времени являлось руководство и организация работы научно-исследовательских лабораторий во всех уголках нашей страны. Для помощи органам здравоохранения на местах в дезинфекционной практике Министерством здравоохранения СССР в 1944 г. был издан приказ об организации дезинфекционных научно-исследовательских групп на периферии. К концу 1945 г. были созданы 33 таких группы.

Деятельность сотрудников в годы войны удивляет масштабностью направлений научных исследований и достижений. Вклад института в Великую Победу огромен. 

Последовательная, самоотверженная работа высококвалифицированных специалистов института помогла обеспечить санитарно-эпидемиологическое благополучие населения как в рядах военнослужащих, так и среди мирного населения. 

Сегодня сотрудники Института дезинфектологии ФБУН «Федеральный научный центр гигиены им. Ф.Ф. Эрисмана» Роспотребнадзора с благодарностью вспоминают подвиг своих коллег и, используя весь накопленный опыт и сохраняя традиции, продолжают и развивают работу по обеспечению неспецифической профилактики инфекционных и паразитарных болезней, включая новые, опасные и неизвестные инфекции, в стране и в рамках международной деятельности в целях обеспечения биологической безопасности, оказывают методическую поддержку и практическую помощь различным организациям независимо от ведомственной принадлежности, ведут образовательную деятельность и проводят просветительскую работу среди населения Российской Федерации.